מבנה קטן במוח הנמצא מתחת לתלמוס ומעל בלוטת יותרת המוח. ההיפותלמוס אחראי על וויסות הרגשות, הרעב, הצמא, חום הגוף ועל בקרת הגדילה, תפקוד מערכת הדם והלב, מצבי עקה וההתנהגות המינית.
ההיפותלמוס מווסת את הפרשות בלוטת יותרת המוח ולכן פעילותו מווסתת את תפקוד מערכת העצבית האוטונומית. כמו כן להיפותלמוס תפקיד מרכזי בוויסות המאזן ההורמונלי בגוף.
