הטיפול במחלה מורכב. בדרך כלל הוא כולל שילובים שונים של טיפול תרופתי, בהתאם לחומרת המחלה והאתרים הנגועים לאורך מערכת העיכול. לעיתים יהיה צורך בטיפול ניתוחי.
לאחר מתן טיפול תרופתי בעת התקף חריף של מחלת קרוהן, יעברו חלק לא מבוטל מהחולים מהשלב הפעיל של המחלה (התקף) לשלב ההפוגה (רמיסיה). לרוב יש צורך להמשיך בנטילת תרופות גם בשלב ההפוגה, על מנת ששלב זה יישמר.
יש צורך במעקב שיגרתי הן במהלך הטיפול בשלב החריף של התלקחות המחלה והן בשלבי ההפוגה. תדירות ואופי המעקב ייקבעו בהתאם לחומרת המחלה.
במצבים בינוניים עד חמורים נוהגים לתת טיפול בסטרואידים למשך מספר שבועות. ברוב המקרים (כ70%) חל שיפור משמעותי בתוך 4 שבועות מתחילת הטיפול. לאחר הופעת השיפור מתחילים להוריד את המינון באופן הדרגתי, עד להפסקת הטיפול. בשל תופעות הלוואי אין משתמשים בסטרואידים כטיפול מתמשך ארוך טווח.
תרופות אלו יכולות לשמש תחליף לסטרואידים, לשם טיפול בסימפטומים קלים עד בינוניים של מחלת קרוהן. התרופות הן רפאסל, אסאכול, פנטסה וסלוזופירין. במקרה שתרופות אלה אינן מטפלות ביעילות בסימפטומים יש להחליפן בסטרואידים.
במקרים בהם החולים אינם מגיבים כמצופה לסטרואידים ול- 5-אמינוסליצילאטים, ניתן לשלב טיפול אנטיביוטי, או טיפול מדכא חיסון כמו מתוטרקסט, פורינטול או אימורן.
טיפולים ביולוגיים חדשניים הכוללים נוגדנים מונוקלונאליים כמו infliximab (רמיקייד) או adlimumab (הומירה) יכולים לסייע אף הם בטיפול בסימפטומים והשריית הפוגה במחלה.
במקרים מסוימים שינויים בתזונה עשויים להקל על הסימפטומים. הסרה מהתפריט של סוגי מזון, כגון מוצרי חלב, עשויה להקל בצורה ניכרת את הסימפטומים של מחלת קרוהן.
במקרים שטיפולים אחרים אינם עוזרים, יומלץ על ניתוח שבמהלכו מוסר המקטע הנגוע מצינור המעי. לאחר הסרת החלק הנגוע תופרים את שני חלקי המעי. הניתוח נדרש במקרים של היווצרות חסימות, אבצסים ונזק למעי.
(ייפתח בדפדפן נפרד)