הסימפטומים של הפטיטיס אוטואימונית דומים לאלו של הפטיטיס נגיפית, או לאלו של הפטיטיס הנגרמת על רקע שימוש בתרופות מסוימות. לפיכך אין די בסימפטומים המוזכרים בסעיף "סימפטומים" ובתלונות המטופל כדי לאבחן את המחלה.

על מנת לאבחן באופן מוחלט יש צורך לבדוק את כל התרופות שהמטופל נוטל, כדי לוודא שהסימפטומים אינם תופעת לוואי של אחת מהן, וכן יש צורך לבצע בדיקות דם וביופסיה (דגימת רקמה) של הכבד.

בדיקות דם לזיהוי וממדידת הרמה של אנזימי הכבד יכולות לסייע בגילוי ראיות להפטיטיס. אולם כדי לזהות הפטיטיס אוטואימונית, יש צורך בבדיקות נוספות לזיהוי נוגדנים מסוימים בדם.

נוגדנים הם חלבונים הנוצרים על-ידי מערכת החיסון כאחד מכלי המאבק בחיידקים ובנגיפים. במקרה של הפטיטיס אוטואימונית מייצרת מערכת החיסון נוגדנים ייחודיים (אוטואימוניים), שמזהים בשוגג את תאי הכבד כאויב ותוקפים אותם.

הסוגים הנפוצים של הנוגדנים הללו הם נוגדנים אנטי- נוקלאריים (ANA, פועלים נגד גרעין התא), נוגדנים נגד שריר חלק (SMA) ונוגדנים נגד הכבד והכליות (anti-LKM).

בדיקות הדם לזיהוי הנוגדנים מסייעות להבחין בין הפטיטיס אוטואימונית ובין הפטיטיס מסוג אחר (הפטיטיס נגיפית מסוג B או C ) או מחלות מטבוליות דוגמת מחלת וילסון.

מדובר בהוצאה של דגימה זעירה של רקמת הכבד ובדיקתה באמצעות מיקרוסקופ.

הבדיקה מבוצעת בבית חולים וכרוכה באשפוז קצר. במהלך הביופסיה מוחדרת מחט ארוכה ודקה לתוך הכבד ובאמצעותה נלקחת דגימת רקמה. הדגימה נבדקת על ידי מומחה באמצעות מיקרוסקופ.

בדיקה זו יכולה לסייע לרופא לאבחן הפטיטיס אוטואימונית ולהעריך את מידת חומרתה.