כל טיפול תרופתי עלול לגרום לתופעות לוואי. בכל מקרה של תופעה חריגה חשוב לפנות לברור לרופא המטפל.
בטיפול בגונדוטרופינים לגרימת ביוץ, יתכן גירוי יתר שחלתי, שעלול להתבטא בציסטות שחלתיות, ובמקרים קשים, בהצטברות נוזלים בחלל הבטן. גירוי יתר היא תופעה נדירה יחסית (כ- 1% מהמטופלות) שמתרחשת בעיקר כאשר קיים מספר גבוה במיוחד של ביציות.
בטיפול באנלוגים ל-GnRH תיתכן דחייה של הופעת דימום הווסת למשך מחזור אחד או שניים לאחר הטיפול, בשל דיכוי שחלתי. מדובר בתופעה חולפת.