הטיפול בפטרת מושתת על מניעת הקרקע הפוריה שאפשרה מלכתחילה את שגשוג הפטרייה. הטיפול אורך זמן וכולל הקפדה על תזונה מתאימה ושימוש בתוספי מזון וויטמינים המסייעים בעצירת שגשוג היתר של הפטרייה. מדובר בהמלצות תזונתיות ארוכות טווח שדורשות התמדה. לעיתים יחלפו חודשים רבים עד להשגת שיפור בסימפטומים.

השלב הראשון של הטיפול כולל בדרך כלל תזונה נטולת סוכרים ותחליפי סוכרים, קמח לבן, מוצרי חיטה ופחמימות מסוימות. כמו כן יש להימנע ממוצרים שמכילים שמרים או שהותססו על ידי שמרים (כגון אלכוהול ומוצריו ומיני ירקות מוחמצים). במרבית המקרים יומלץ להימנע גם מפירות עתירי סוכר וממזונות שמכילים שומן רווי.

על מנת למנוע חוסרים תזונתיים וחולשה, מומלץ להיוועץ בתזונאי מוסמך שיתאים את הדיאטה. לאורך הטיפול ישתנו ההמלצות התזונתיות בהתאם למצב. במידת הצורך ניתן להתאים תוספי מזון, ויטמינים וצמחי מרפא שיסייעו להצלחת התהליך.

כדי לסייע לשיקום פלורת המעי ניתן ליטול תוספים פרוביוטיים שמכילים חיידקים מסוג אצידופולוס וביפידוס, ולאכול יוגורטים טבעיים שמכילים אף הם חיידקים 'טובים' למערכת העיכול.

חשוב לשטוף היטב עם מים פושרים את האזור הנגוע בפטרת. ככלל יש להעדיף מקלחות על אמבטיות. מומלץ להימנע משימוש בסבונים ותמרוקים מבושמים שעלולים להחמיר את תופעות הפטרת. לאחר הרחצה יש לייבש היטב את אזור אברי המין, מאחר שהפטרייה נוטה לשגשג בעיקר באזורים לחים וחמימים. כדאי ללבוש בגדים רפויים מאריגים טבעיים שיסייעו באוורור האזור.

ניתן לרכוש משחות אנטי פטרייתיות ללא מרשם ולהתחיל למרוח מייד עם הופעת הסימנים הראשונים של הפטרת. במידה שלא מושג שיפור, מומלץ לפנות לרופא לצורך המשך הטיפול.

על מנת להקל על הסימפטומים של הפטרת ניתן להשתמש במשחות המכילות סטרואידים. בטיפול בדלקת בעטרת הפין אין להשתמש במשחות אלו על אזור עטרת הפין כול עוד הוא מודלק. במקרה זה סטרואידים עלולים להחמיר את המצב ולא להביא לשיפור.

במהלך זיהום פעיל של פטרת יש להתנזר מקיום יחסי מין מאחר שהזיהום עלול להתפשט ולהחמיר בעקבות יחסי המין. אם בכל זאת החלטתם לקיים יחסי מין, השתמשו בקונדום על מנת למנוע הדבקה של בן או בת הזוג בפטרייה.

גברים הטרו-סקסואליים עלולים ללקות בדלקת קלה של עטרת הפין לאחר קיום יחסי מין, בדרך כלל עקב תגובה אלרגית לנוכחות הפטריה בנרתיק בת הזוג. במרבית המקרים הדלקת תחלוף לאחר קבלת טיפול מתאים.

גברים הומוסקסואלים עלולים ללקות בפטרת בעקבות קיום יחסי מין ללא קונדום עם בן זוג שלוקה בזיהום פעיל של הפטרייה. בעקבות טיפול מתאים יחלוף הזיהום. כדי למנוע הדבקה מומלץ להשתמש בקונדום.